树化玉的颜色丰富多彩，从市场上看见的树化玉颜色有：绿色、红色、黄色、更多的是诸如白色、黑色、咖啡色这样的其他的颜色，很多时候颜色混合交叉在一起，还常常有颜色与颜色之间的过渡色，从而使树化玉的颜色斑斓缤纷。影响树化玉颜色主要有两个因素：一是在硅化过程中，在无色透明的二氧化硅溶液中掺杂了少量的“着色元素”，掺杂了碳酸铜的呈绿色，掺杂了氧化铁的呈红、褐、黑色。另一个是树质的原因，树种系产树脂性的植物，如松树、柏树就可能形成带黄色的树化玉；不产树脂性的植物，如银杏、水杉类树木就可能形成淡如白色、灰色的树化玉。